В досоветскую эпоху приходы современного 3-го Коломенского благочиния входили в состав трех церковно-административных единиц – 2-го, 4-го  и 5-го благочиннических округов Коломенского уезда Московской губернии Московской епархии Российской Православной Церкви.

В позднюю советскую эпоху и новейшее время местные приходы относились к ведению Коломенского благочиния Московской (областной) епархии Русской Православной Церкви.

3-е Коломенское благочиние образовано указом митрополита Крутицкого и Коломенского Павла  № 2545-К от  1  июля 2021 года и объединяет 16 приходов, расположенных в восточной части городского округа Коломна Московской области, а также приход Богоявленского храма города Коломны — центральный храм благочиннического округа.